Workshop de Software Carpentry en el csv,conf,v7

Novotel Buenos Aires

17 de Abril, 2023

9:30 am - 17:00 pm (UTC -3)

Inscripciones AQUÍ

Instructores: Noelia Stetie, Sergio García Mora, Macarena Quiroga, Irene Ramos, Andrea Gomez Vargas

Ayudantes: Irene Ramos, Natalia Morandeira, Virginia García Alonso, Pamela Pairo, Sergio García Mora, Macarena Quiroga

Anfitrionas: Yanina Bellini Saibene, Paola Corrales

Información general

Software Carpentry pretende ayudar a las y los investigadores a realizar su trabajo en menos tiempo y con menos esfuerzo enseñándoles técnicas informáticas básicas para la investigación. Este taller práctico cubrirá conceptos y herramientas básicas, incluyendo control de versiones, gestión de datos, y automatización de tareas. Se animará a los participantes a ayudarse y a aplicar lo aprendido a sus propios problemas de investigación.

Para más información sobre lo que enseñamos y por qué, pueden ver nuestro trabajo (en inglés) "Best Practices for Scientific Computing".

Para quién: El curso está dirigido principalmente a estudiantes de posgrado y otros investigadores. Es deseable tener conocimientos básicos de R, pero no es excluyente para realizar este taller.

Cuándo: 17 de Abril, 2023. Agregar a Google Calendar.

Requerimientos: Los participantes deberán traer una computadora portátil con sistema operativo Mac, Linux o Windows (no una tablet, Chromebook, etc.) en el que tengan privilegios administrativos. Deberán traer unos paquetes específicos instalados (se encuentran especificados debajo).

Accesibilidad: Nos comprometemos a que este taller sea accesible para cualquier participante. Hemos comprobado que:

Los materiales se proporcionarán antes del taller y, si es necesario, se facilitará material impreso en letra grande con antelación. Si podemos facilitarle el aprendizaje (por ejemplo, intérpretes de lengua de signos o servicios de lactancia), póngase en contacto con nosotros (utilizando los datos que figuran más abajo) e intentaremos proporcionárselos.

Contacto: Por favor escriba a andrea.gomezv11@gmail.com , irene.ramosp@gmail.com , macarenasolquiroga@gmail.com , nstetie@gmail.com , pamepairo@gmail.com , sergio@d4hr.com , nmorandeira@unsam.edu.ar , garciaalonso.v.a@gmail.com , yabellini@gmail.com o paobcorrales@gmail.com para más información.

Roles: Para saber más sobre los roles en el taller (quién hará qué), pueden ver el FAQ de nuestro Workshop.

Código de conducta

Todas las personas que participen en las actividades de The Carpentries deben guiarse por el Código de Conducta. Ese documento también indica los pasos a seguir en el caso de que haya un incidente.

Encuestas

Por favor, completá las encuestas pre y post workshop (están en inglés).

Encuesta pre-workshop

Encuesta post-workshop

Cronograma

Mañana

9:30 a 12:30. R para Análisis Científicos Reproducibles

Tarde

14:00 a 17:00. Introducción a Git y GitHub.

Instalación y configuración

Para participar de este Software Carpentry workshop, vas a necesitar acceso al software indicado en la siguiente sección. Además, vas a necesitar un navegador actualizado.

Mantenemos una lista de problemas comunes que pueden ocurrar durante la instalación como referencia para las instructoras e instructores que pueden ser útiles en la página Wiki de Problemas y Soluciones de Configuración.

R

R es un lenguaje de programación muy potente para la exploración de datos, visualización y análisis estadísticos. Para interactuar con R, utilizamos RStudio.

Instalar R descargando y ejecutando este archivo .exe desde CRAN. También deben instalar el entorno de desarrollo integrado (IDE) RStudio. Tenga en cuenta que si tiene cuentas de usuario y administrador separadas, debe ejecutar los instaladores como administrador (haga clic con el botón derecho en el archivo .exe y seleccione "Ejecutar como administrador" en lugar de hacer doble clic). De lo contrario, pueden surgir problemas más adelante, por ejemplo, al instalar paquetes R.

Video tutorial

Instalar R descargando y ejecutando este archivo .pkg desde CRAN. También deben instalar el entorno de desarrollo integrado (IDE) RStudio.

Video tutorial

Las instrucciones para la instalación de R en diversas plataformas Linux (debian, fedora, redhat y ubuntu) se pueden encontrar en <https://cran.r-project.org/bin/linux/>. Las instrucciones les enseñaran cómo utilizar su gestor de paquetes (e.g. para Fedora deben correr sudo dnf install R y para Debian/Ubuntu, deben agregar un repositorio ppa y luego correr el código sudo apt-get install r-base). También deben instalar el entorno de desarrollo integrado (IDE) RStudio.

Shell Bash

Bash es una shell (intérprete de comandos y lenguaje de programación) de uso común que le da el poder de hacer tareas más rápidamente.

  1. Descrague el instalador de GIT para Windows.
  2. Ejecute el instalador y siga los siguientes pasosw:
    1. Haga click en "Siguiente" cuatro veces (dos veces si anteriormente ha instalado Git). No es necesario cambiar nada en las pantallas de Información, ubicación, componentes y menú de inicio.
    2. En el menú desplegable, "Elegir el editor por defecto utilizado por Git", seleccione "Utilizar el editor Nano por defecto" (NOTA: tendrá que desplazarse hacia arriba to find it) y hacer click en "Siguiente".
    3. En la página que dice "Ajustar el nombre de la rama inicial en nuevos repositorios", asegúrese de que "Dejar que Git decida" está seleccionado. Esto asegurará el mayor nivel de compatibilidad para nuestras lecciones.
    4. Asegúrate de que está seleccionada la opción "Git desde la línea de comandos y también desde software de terceros" y haz clic en "Siguiente". (Si no haces esto Git Bash no funcionará correctamente, lo que requerirá que elimines la instalación de Git Bash, vuelvas a ejecutar el instalador y selecciones la opción "Git desde la línea de comandos y también desde software de terceros").
    5. Seleccione "Usar OpenSSH incluido".
    6. Asegúrese de que está seleccionada la opción "Usar la biblioteca nativa de Windows Secure Channel" y haga clic en "Siguiente".
    7. Asegúrese de que está seleccionada la opción "Checkout Windows-style, commit Unix-style line endings" y pulse "Siguiente".
    8. Asegúrese de que está seleccionada la opción "Usar la ventana de consola predeterminada de Windows" y haga clic en "Siguiente".
    9. Asegúrese de que la opción "Predeterminado" (avance rápido o fusión) está seleccionada y haga clic en "Siguiente"."
    10. Asegúrese de que "Git Credential Manager" está seleccionado y haga clic en "Siguiente".
    11. Asegúrese de que la opción "Activar el almacenamiento en caché del sistema de archivos" está seleccionada y haga clic en "Siguiente".
    12. Haga click en "Instalar".
    13. Haga click en "Terminar" o "Siguiente".
  3. Si su variable de entorno "HOME" no está establecida (o no sabe lo que es):
    1. Abra el símbolo del sistema (abra el menú Inicio y escriba cmd y presione Enter)
    2. Escriba la siguiente línea en la ventana de símbolo del sistema exactamente como se muestra:

      setx HOME "%USERPROFILE%"

    3. Presione Enter, debería ver que figura SUCCESS: Specified value was saved.
    4. Salga del símbolo del sistema escribiendo exit y luego presionando Enter

Esto le proporcionará tanto Git como Bash en el programa Git Bash.

Video Tutorial

El shell por defecto en algunas versiones de macOS es Bash, y Bash está disponible en todas las versiones, por lo que no es necesario instalar nada. Se accede a Bash desde el Terminal (que se encuentra en /Applications/Utilities). Acceda al video tutorial para ver un ejemplo de cómo abrir la Terminal. Es posible que desee mantener Terminal en su muelle ("dock") para este taller.

Para ver si su shell por default es de tipo Bash echo $SHELL en la Terminal y presione la tecla Regresar. Si el mensaje impreso no termina con '/bash' entonces su valor por defecto es otro y puede ejecutar Bash escribiendo bash.

Si desea cambiar su shell predeterminado, consulte este artículo del Soporte de Apple y sigue las instrucciones de "Cómo cambiar tu shell por defecto".

Video Tutorial

El shell por defecto suele ser Bash y no suele ser necesario instalar nada.

Para ver si tu shell por defecto es Bash escribe en un terminal echo $SHELL y presiona la tecla Enter. Si el mensaje impreso no termina con '/bash' entonces su shell por defecto es otro y usted puede ejecutar Bash escribiendo bash.

Git

Git es un sistema de control de versiones que te permite rastrear quién hizo cambios y tiene opciones para actualizar fácilmente una versión compartida o pública de tu código en github.com. Necesitarás un navegador compatible.

Deberás contar con una cuenta en github.com para la segunda parte de este workshop. Las cuentas básicas de GitHub son gratuitas. Si aún no posees una cuenta en GitHub, por favor crea una. Por favor, considere qué información personal le gustaría revelar. Por ejemplo, le podría interesar conocer cómo mantener las direcciones de correo proporcionadas a GitHub privadas.

Para macOS, instalar Git para Mac descargando y ejecutando la versión más reciente del instalador "mavericks" desde esta lista. Como este instalador no está firmado por el desarrollador, es posible que tenga que hacer clic con el botón derecho del ratón (control-clic) en el archivo .pkg, hacer clic en "Open", y hacer clic en "Open" en la ventana emergente. Luego de instalar Git, no habrá nada en tu carpeta /Applications, dado que Git es un programa de línea de comandos. Para versiones anteriores de OS X (10.5-10.8) deben emplear el instalador más reciente denominado "snow-leopard" disponible aquí.

Video tutorial

Si Git no está ya disponible en tu máquina puedes intentar instalarlo a través del gestor de paquetes distro. Si Git no está disponible en su máquina pueden intentar instalarlo mediante su gestor de paquetes distro. Para Debian/Ubuntu correr sudo apt-get install git y para Fedora correr sudo dnf install git.